Công năng chính của giếng trời là lấy sáng và thông khí do đó vị trí của nó thường ở vị trí trung tâm của ngôi nhà (trung cung) thuộc hành Thổ, cân bằng với các hành khác theo nguyên tắc Hỏa thăng - Thủy giáng - Thổ bình hòa hoặc Mộc chuyển - Kim ẩn - Thổ trung dung.

Theo đó, cách bài trí nội thất sẽ cân nhắc tính chất ngũ hành để điều chỉnh cho hài hòa, ví dụ như cầu thang lượn có hồ nước ở dưới là dạng thủy vượng, sẽ khó sử dụng và gây ẩm thấp. Nếu đặt nước vào giếng trời, cho nước chảy trên tường, có ánh sáng trực tiếp chiếu xuống thì Thổ sẽ khắc Thủy vượng, dương bù âm, giảm được sự tù đọng tối tăm, tăng khả năng lưu thông không khí trong ngôi nhà.

Thông thường, để tiết kiệm diện tích trong nhà phố, giếng trời thường được kết hợp với cầu thang, ở vị trí trung tâm hoặc bên cạnh cầu thang, cách xử lí này tất nhiên không tốt bằng việc để giếng trời độc lập, tuy nhiên nếu nóc cầu thang có cửa trời dạng chéo (Hỏa sinh Thổ) thì khả năng luân chuyển nội khí vẫn đạt hiệu quả tốt và vách cầu thang sẽ trở thành điểm nhấn cho toàn nhà nếu được đầu tư chăm chút.

Không có tiêu chuẩn cụ thể cho độ dài - rộng của giếng trời, tuy nhiên giếng không nên nhỏ hơn 1m vì sẽ gây thiếu thẩm mỹ, độ rộng của giếng trời thường tỉ lệ thuận với chiều cao ngôi nhà.

Nhược điểm lớn nhất của giếng trời là gây tiếng ồn, vì vậy cần chọn bố trí các vật liệu chống ồn, nếu trồng cây, bố trí tiểu cảnh nước cần được chống thấm tốt cho khu vực này.

Trường hợp nhà có thang một bên và đổi tầng hoặc dạng cầu thang lệch tầng sẽ tạo thành dạng giếng trời xiên (cũng thuộc hành Hỏa), thuận tiện về tầm nhìn, độ thông thoáng cũng tốt